Cosa c'è dietro il nostro COVID

L'UC Davis sta "superando il test COVID a pieni voti", ha detto Stephanie Ruhle di MSNBC, usando un gioco di parole mentre concludeva una recente intervista con il professor Brad Pollock, preside associato per le scienze della salute pubblica, sul programma di test COVID-19 dell'università.

Il programma di test della saliva è iniziato il 14 settembre, quando gli studenti hanno iniziato a trasferirsi negli alloggi del campus per il trimestre autunnale, e successivamente si è espanso per servire la comunità attraverso Healthy Davis Together.

All'inizio di questo mese, l'UC Davis Genome Center ha testato il 100.000esimo campione di saliva. Qui diamo uno sguardo a cosa c'è dietro il test e come è stato messo insieme.

Le macchine per PCR quantitativa ad alta produttività IntelliQube, che utilizzano la tecnologia "array-tape", sono fondamentali per il programma di test. Invece di provette o piastre con pozzetti, le macchine analizzano nastri stampati con migliaia di minuscoli pozzetti, ognuno dei quali può eseguire una reazione PCR.

Originariamente sviluppate per l'uso nella genetica agricola, le macchine a nastro array possono eseguire migliaia di test PCR al giorno, molto più delle macchine costruite appositamente per la diagnostica medica.

Il professore di scienze vegetali Richard Michelmore, direttore del Genome Center, e il suo team hanno sviluppato il programma di test e lo hanno proposto al campus. Il finanziamento è arrivato il 4 agosto, poco più di un mese prima dell’arrivo degli studenti. "Ciò ha innescato un'enorme mobilitazione in tutto il campus", ha detto Michelmore.

Fare il test comporta la semplice questione di sputare in una provetta e i risultati vengono generalmente restituiti entro uno o due giorni. Il test è per le persone che non presentano sintomi di COVID-19: gli studenti con sintomi dovrebbero rivolgersi ai servizi di consulenza e salute degli studenti, mentre gli altri dovrebbero rivolgersi ai propri operatori sanitari.

Per eseguire il test è necessario fissare un appuntamento, in un processo online che produce un codice a barre personalizzato che, al tuo arrivo per il test, viene abbinato a un codice a barre sulla provetta del campione. Prendi un sorso d'acqua, gocciola nuovamente nel tubo, tappalo e il gioco è fatto.

Le provette con codice a barre deidentificate vengono portate al Genome Center, dove i campioni vengono trattati termicamente per inattivare qualsiasi virus. Le particelle del virus SARS-CoV2 sopravvivono bene nella saliva, ha osservato Michelmore.

I campioni vengono quindi trattati con papaina proteasi (nota anche come batticarne) per ridurre la viscosità della saliva e trasferiti in piastre di plastica da 384 pozzetti, quindi trasferiti automaticamente su nastro. La reazione dura circa un'ora e mezza; ciascun IntelliQube può eseguire circa 6.000 test in una giornata di 12 ore. I risultati vengono analizzati con il software UgenTech FastFinder basato su cloud.

Il test PCR è adattato da protocolli approvati dalla Food and Drug Administration. Il laboratorio è approvato CLIA come estensione del laboratorio dell'UC Davis Student Health Center.

Il test può rilevare fino a 15 copie del virus in un microlitro di saliva, al di sotto della soglia di quello che potrebbe essere un individuo infetto. Inizialmente, i test della saliva sono stati confrontati con tamponi nasali prelevati contemporaneamente ed elaborati in un laboratorio commerciale, ma l'operazione è stata interrotta una volta confermata l'accuratezza del test della saliva.

Due squadre separate di personale tecnico, guidate dal manager del DNA Technology Core Lutz Froenicke, lavorano per eseguire i test in giorni diversi con una squadra di riserva come riserva.

Michelmore ha attribuito un "enorme sforzo in tutto il campus" per mettere in funzione il programma di test, tra cui Ralph Greene del Dipartimento di Patologia e Medicina di Laboratorio della UC Davis, Cindy Schorzmann, direttore medico dei servizi di consulenza e salute degli studenti, e Sheri Belafsky della UC Davis Medical Surveillance Program – e molti, molti altri che hanno lavorato per sostenere e gestire i chioschi di test, acquisire macchine e attrezzature, eseguire test, analizzare e riportare i risultati.

Sebbene Michelmore abbia ricevuto molte richieste da altre università e aziende, ha notato che al momento non stanno pianificando di espandere i test oltre UC Davis, Davis, altre località nella contea di Yolo e UC Merced a causa della capacità limitata. Tuttavia, ha osservato che nessuno dei protocolli e dei flussi di lavoro è brevettato e potrebbe essere replicato da altri.